En service de 1985 à 2002, Jean-Pierre Augé passe dix-sept années au service "Afrique noire" de la DGSE. Une époque, qu'il décrit comme "le crépuscule de la Françafrique", où les relations se distendent, et les tensions s'accumulent avec les anciennes colonies françaises. Dans son livre (Afrique adieu. Mémoires d’un officier du secteur Afrique noire de la DGSE - Mareuil éd.), il raconte ses faits d'armes, et certaines anecdotes aujourd'hui inimaginables, comme cette présidentielle au Tchad en 1996 où il fut suggéré au vainqueur du scrutin d'organiser un second tour, quand bien même il avait recueilli plus de 60% des suffrages